Le biblioteche del Sistema Bibliotecario conservano numerosi fondi archivistici prodotti da studiosi o da enti di varia natura. Il materiale che compone questi fondi è molto eterogeneo data la diversità dei soggetti produttori: si va da carteggi a disegni, da diari a fotografie, da manoscritti a carte geografiche ecc.
Questi fondi sono descritti nel portale Chartae (http://chartae.sbafirenze.it/), realizzato tramite il software AriannaWeb.
La catalogazione dei fondi è in corso d'opera, per cui attualmente ne sono presenti solo una parte. Inoltre, il livello di descrizione varia: di alcuni è presente solo una scheda introduttiva, mentre di altri viene fornita una dettagliata descrizione delle varie serie e unità archivistiche, talvolta anche con corredo iconografico.
L'elenco dei fondi archivistici posseduti dal Sistema Bibliotecario raggruppati per biblioteca d'area e sede di conservazione è consultabile all'indirizzo: https://www.sba.unifi.it/p791.html
Per i fondi descritti in Chartae è fornito il link.